遠い昔、人間、神仏と妖魔が一つの世界で平和に暮らしていた。しかし、世界の資源が欠乏するに伴い、争いは妖魔と神仏の間で拡大し、やがて最大規模の【滅世戦争】にまで発展した。長く続けた戦争によって、怨念が蔓延し、さらに強い妖魔や神仏の魂が徘徊していた。そこで、人間界の中に「陰陽師」と呼ばれるものたちが誕生した。世界の秩序と繁栄を回復するために、彼らは世界各地で現れた強き妖魔と神を封印する旅に出掛けた！